Anualmente (no mês de outubro), a Auditoria Interna submete à Controladoria-Geral da União (CGU) e ao Conselho Universitário (CONSU) da UFS seu Plano Anual de Atividades de Auditoria Interna/PAINT. A CGU, ao analisar o PAINT, poderá recomendar a inclusão ou a exclusão de ações de auditoria objetivando racionalizar e alinhar as ações de avaliação dos controles institucionais no âmbito do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal. Por sua vez, o CONSU ao apreciar o PAINT poderá aprovar (ou não) a realização das atividades previstas mediante resolução.